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If you have a question, please call us or fill out the form below. Place an A3 sheet of white paper around the repro-stand to prevent any direct light on the subject.

Place a mask that fits the germination trays underneath the camera to fix the imaging position Photo 1. Take a picture of germinating seeds some already germinated, others not with the use of Nikon camera control Pro software.

Set resolution to maximum, file format to jgp, normal compression. Set the camera to full manual control. It is advised to be very punctilious in optimizing the camera settings.

Once the optimal settings are found they can be saved to a file save settings. A sample image, indicating the desired image quality Photo 2 , is also available in the Germinator package download.

Adjusting settings in ImageJ Open a photo of germinating seeds some already germinated, others not with ImageJ: Process , enhance contrast , saturated pixels 0.

Write these settings down. Again, play with color settings until you find a setting that selects the seed only Y, U, V for the example image.

Make sure that there is no size difference between both settings for non-germinated seeds but that there is an obvious size difference for germinated seeds.

Write the settings down. Select threshold and close the color threshold window. To count the black spots on such a photo we use: Analyse , Analyse Particles and select size 0-Infinity , Circularity 0.

Two tables will appear, the summary table shows the number of seeds count and the results table shows the parameters for the individual seeds.

The area is a measure for size. This area can be used in the Germinator script to prevent counting of clustered seeds or other artifacts like remnants of siliques.

Take a close look at your results table and adjust the size to a save limit approx. Adjust the size in the text file in the position indicated above in bold and save.

Close the window and right click on the top frame just above the blue part to save the adjusted script. Close the script and open via the visual scripting dialog box the other Germinator application: This video instruction contains information about the different steps required for automated scoring with the Germinator Package.

Content Search box Breadcrumb. The Germinator package contains three modules; design of experimental setup with various options to replicate and randomize samples; automatic scoring of germination based on the color contrast between the protruding radicle and seed coat; curve fitting of cumulative germination data and the extraction, recap and visualization of the various germination parameters.

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